MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Non-Coding Repeats of Bordetella parapertussis Bpp5 plasmid BPP5P1

Total Repeats: 81

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_018830	CAC	2	6	40	45	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
2	NC_018830	GCT	2	6	726	731	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
3	NC_018830	AAT	2	6	1747	1752	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
4	NC_018830	TCTA	2	8	1759	1766	25 %	50 %	0 %	25 %	Non-Coding
5	NC_018830	GGT	2	6	2191	2196	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
6	NC_018830	GAA	2	6	2234	2239	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
7	NC_018830	CG	3	6	2318	2323	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
8	NC_018830	CG	3	6	2327	2332	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
9	NC_018830	GTTA	2	8	3753	3760	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
10	NC_018830	CCG	2	6	3779	3784	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
11	NC_018830	GT	3	6	3846	3851	0 %	50 %	50 %	0 %	Non-Coding
12	NC_018830	GC	3	6	3875	3880	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
13	NC_018830	AGC	2	6	3958	3963	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
14	NC_018830	CGT	2	6	3965	3970	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
15	NC_018830	TTA	2	6	3997	4002	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
16	NC_018830	GC	3	6	4424	4429	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
17	NC_018830	CGC	2	6	4499	4504	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
18	NC_018830	G	6	6	4515	4520	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
19	NC_018830	CGC	2	6	4605	4610	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
20	NC_018830	AAAAC	2	10	4681	4690	80 %	0 %	0 %	20 %	Non-Coding
21	NC_018830	ATT	2	6	4798	4803	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
22	NC_018830	ATA	2	6	4826	4831	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	Non-Coding
23	NC_018830	GCC	2	6	4890	4895	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
24	NC_018830	G	6	6	4957	4962	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
25	NC_018830	CCAT	2	8	4975	4982	25 %	25 %	0 %	50 %	Non-Coding
26	NC_018830	TCGC	2	8	5011	5018	0 %	25 %	25 %	50 %	Non-Coding
27	NC_018830	CGG	2	6	5024	5029	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
28	NC_018830	CAG	2	6	5058	5063	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
29	NC_018830	CAT	2	6	7061	7066	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
30	NC_018830	CAT	2	6	7083	7088	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
31	NC_018830	CAT	2	6	7103	7108	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
32	NC_018830	CAT	2	6	7125	7130	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
33	NC_018830	CAT	2	6	7136	7141	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
34	NC_018830	GC	3	6	7149	7154	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
35	NC_018830	TCA	2	6	7763	7768	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
36	NC_018830	TCA	2	6	7937	7942	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
37	NC_018830	GC	3	6	8022	8027	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
38	NC_018830	ATC	2	6	8032	8037	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
39	NC_018830	AGG	2	6	8114	8119	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
40	NC_018830	GGC	2	6	8215	8220	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
41	NC_018830	GCT	2	6	8256	8261	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
42	NC_018830	ATC	2	6	8302	8307	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
43	NC_018830	GCTG	2	8	8333	8340	0 %	25 %	50 %	25 %	Non-Coding
44	NC_018830	GTC	2	6	8359	8364	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
45	NC_018830	CGT	2	6	8461	8466	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
46	NC_018830	CGG	2	6	8472	8477	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
47	NC_018830	CAT	2	6	8942	8947	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
48	NC_018830	CGT	2	6	8994	8999	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
49	NC_018830	CAA	2	6	9049	9054	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
50	NC_018830	TTTC	2	8	9073	9080	0 %	75 %	0 %	25 %	Non-Coding
51	NC_018830	TC	3	6	9079	9084	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
52	NC_018830	GGC	2	6	9102	9107	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
53	NC_018830	ACCA	2	8	9175	9182	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
54	NC_018830	CACCG	2	10	9238	9247	20 %	0 %	20 %	60 %	Non-Coding
55	NC_018830	GTT	2	6	9267	9272	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
56	NC_018830	TGA	2	6	9300	9305	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
57	NC_018830	TCC	2	6	9318	9323	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
58	NC_018830	GC	3	6	9337	9342	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
59	NC_018830	CG	3	6	9443	9448	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
60	NC_018830	G	6	6	9450	9455	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
61	NC_018830	AGT	2	6	9463	9468	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
62	NC_018830	GGC	2	6	9472	9477	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
63	NC_018830	GGC	2	6	9487	9492	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
64	NC_018830	GGC	2	6	9496	9501	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	Non-Coding
65	NC_018830	GCC	2	6	9520	9525	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
66	NC_018830	CG	3	6	9548	9553	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
67	NC_018830	TCA	2	6	9590	9595	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
68	NC_018830	GCATCA	2	12	9651	9662	33.33 %	16.67 %	16.67 %	33.33 %	Non-Coding
69	NC_018830	TGA	3	9	9753	9761	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
70	NC_018830	TCG	2	6	9779	9784	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
71	NC_018830	CCT	2	6	9785	9790	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
72	NC_018830	TTC	2	6	9904	9909	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
73	NC_018830	CTG	2	6	9940	9945	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
74	NC_018830	GC	3	6	9969	9974	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding
75	NC_018830	AGC	2	6	10117	10122	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
76	NC_018830	CGA	2	6	10149	10154	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
77	NC_018830	CCT	2	6	11221	11226	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
78	NC_018830	CCCG	2	8	11253	11260	0 %	0 %	25 %	75 %	Non-Coding
79	NC_018830	GGA	2	6	11358	11363	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
80	NC_018830	GTA	2	6	11373	11378	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
81	NC_018830	GCA	2	6	12129	12134	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.